Desa Koto Mesjid merupakan desa relokasi / pemindahan / transmigrasi lokal dari proyek PLTA Koto Panjang, tepatnya pada tahun 1992. Desa Koto Mesjid merupakan salah satu desa dari 8 (delapan) desa yang termasuk ke dalam daerah genangan Waduk PLTA Koto Panjang. Pada awalnya desa Koto Mesjid masih bergabung dengan desa induk yaitu Desa Pulau Gadang. Pada tahun 1999 terjadi pemekaran dari Desa Pulau Gadang pada tahun berdasarkan surat Keputusan Gubernur Riau Nomor: 247 Tahun 1999, yang dipimpin oleh Pjs. Bapak Bakaruddin. Secara adminitrastif, Desa Koto Mesjid masuk kedalam wilayah Kecamatan XIII Koto Kampar Kabupaten Kampar, sedangkan secara Adat wilayah Desa Koto Mesjid merupakan salah satu desa dalam wilayah adat Andiko 44, dengan batas-batas wilayah sebagai berikut:
- Sebelah Utara berbatas dengan Desa Silam Kecamatan Kuok
- Sebelah Selatan berbatas dengan Ulayat Kenegarian Pulau Gadang
- Sebelah Barat Berbatas dengan Desa Pulau Gadang Kecamatan XIII Koto Kampar
- Sebelah Timur Berbatas dengan Desa Merangin Kecamatan Kuok
Jarak Desa Koto Mesjid dengan Ibu Kota Kecamatan, Kabupaten dan Propinsi antara lain:
- Jarak dengan Ibukota Kecamatan 15 km, waktu tempuh + 25 menit
- Jarak dengan Ibukota Kabupaten 21 km, waktu tempuh + 45 menit
- Jarak dengan Ibukota Propinsi 99 km, waktu tempuh + 90 menit